東南大學醫(yī)學院位于風景秀麗的南京市玄武湖畔，高校群集的市中心。醫(yī)學院前身為創(chuàng)建于1935年的中央大學醫(yī)學院，其后又歷經(jīng)南京大學醫(yī)學院、中國人民解放軍第五軍醫(yī)大學、南京鐵道醫(yī)學院等重要時期。
2012年，該院獲批為全國第一批卓越醫(yī)生教育培養(yǎng)計劃項目試點高校，承擔了拔尖創(chuàng)新醫(yī)學人才培養(yǎng)模式改革試點和五年制臨床醫(yī)學人才培養(yǎng)模式改革試點兩個項目。
東南大學醫(yī)學院設(shè)有兩個系，基礎(chǔ)醫(yī)學系設(shè)有生物工程學、病原生物學與免疫學、遺傳學與發(fā)育生物學、生物化學與分子生物學、病理學與病理生理學、人體結(jié)構(gòu)學與神經(jīng)科學、生理學與藥理學等專業(yè)；臨床醫(yī)學系設(shè)有內(nèi)科學、外科學、婦產(chǎn)科學、兒科學、護理學、醫(yī)學檢驗學、醫(yī)學影像學、神經(jīng)精神病學，腫瘤學、重癥醫(yī)學等臨專業(yè)；數(shù)十個教研室。