上海中醫藥大學是教育部與上海市人民政府共建高校，上海市重點建設的高水平大學，國家首批世界一流學科建設高校，世界一流中醫藥大學建設聯盟、長三角醫學教育聯盟創始成員，上海市高水平地方高校建設試點單位，首批世界衛生組織傳統醫學合作中心，國際標準化組織中醫藥標準技術委員會秘書處所在地；入選國家“111計劃”、卓越醫生（中醫）教育培養計劃、國家建設高水平大學公派研究生項目、國家“特色重點學科項目”、國家級大學生創新創業訓練計劃、新工科研究與實踐項目、教育部人才培養模式創新實驗區、國家理科基礎研究和教學人才培養基地、國家大學生文化素質教育基地、中國政府獎學金來華留學生接收院校、上海市首批深化創新創業教育改革示范高校。學校與上海市中醫藥研究院合署運行。