學校前身是山東醫(yī)學院附設(shè)醫(yī)士班，1952年經(jīng)華東軍政委員會同意，根據(jù)山東省衛(wèi)生廳指示分遷至濟寧整合山東省第四康復醫(yī)院等資源成立山東省濟寧醫(yī)士學校；1958年山東醫(yī)學院援建，升格為本科高校，更名濟寧醫(yī)學院，招收第一屆本科生；1959年更名濟寧醫(yī)學專科學校； 1987年恢復濟寧醫(yī)學院校名，在全國率先開展精神醫(yī)學專業(yè)本科教育。
據(jù)2021年4月學校官網(wǎng)顯示，學校有太白湖校區(qū)、日照校區(qū)、任城校區(qū)、教學科技園(與濟寧國家高新區(qū)共建)，占地總面積115萬平方米，校區(qū)固定資產(chǎn)22.5億元，附屬醫(yī)院資產(chǎn)20億元，館藏圖書總量360余萬冊。