1、“985工程”一期建設率先在北京大學和清華大學開始實施。2004年，根據《2003—2007年教育振興行動計劃》，教育部、財政部印發《教育部、財政部關于繼續實施“985工程”建設項目的意見》，啟動二期建設。
2、“985工程”建設任務為機制創新、隊伍建設、平臺建設、條件支撐和國際交流與合作等五個方面；采取國家、共建部門和高等學校三級管理方式，以高等學校自我管理為主；建設實行項目管理和績效考評。
3、“211工程”建設的主要內容包括學校整體條件、重點學科和高等教育公共服務體系建設三大部分；建設項目均實行項目法人責任制、招投標制和工程監理制；各“211工程”學校成立項目法人組織和落實項目法人代表，有關省（區）主管部門成立“211工程”建設領導小組，形成中央、省（區）和學校三級管理體制。