贛南師范大學音樂學院辦學歷史始于1960年9月的贛南師范專科學校藝術科，后來成立了藝術系（含音樂與美術兩個專業）。2000年3月從藝術系分離出來，成立了音樂系；2004年，在音樂系的基礎上成立了音樂學院。1994年開始招收音樂學（含舞蹈方向）本科專業；2002年開始招收舞蹈學本科專業，2013年開始招收舞蹈表演本科專業；2006年開始招收攻讀“音樂課程與教學論”碩士學位研究生；2012年開始招收音樂與舞蹈學碩士研究生；2013年開始招收教育碩士學科教學（音樂）專業學位研究生；2015年開始招收藝術碩士（含音樂、舞蹈、戲曲三個領域）專業學位研究生，現已自主設置和備案了一個二級學科碩士學位授權點，2016年開始招生。
音樂學院有三個碩士學位授權點，四個本科專業（音樂學、音樂表演、舞蹈學、舞蹈表演）。